Después de casi un siglo de su descubrimiento arqueológico, gracias a estudios recientes de los archivos documentales del siglo XVI, existen buenos argumentos para suponer que la ciudadela de Machu Picchu fue -como las pirámides de los faraones de Egipto o la tumba del emperador Chin Shi Huan de China- el lujoso y bien cuidado mausoleo del inca Pachakuteq, el fundador y primer emperador del Tawantinsuyu.
Machu Picchu es un asentamiento que fue construido por los incas en el siglo XV. Inca, o inka, es el nombre que se les daba a los habitantes de la cuenca del río Huatanay, en cuya ribera se levanta la ciudad del Cusco. Los incas, antes de esos tiempos, habían logrado formar un reino que dominaba la parte media del río Vilcanota.
El entorno natural es boscoso, tropical y lluvioso. Se encuentra en medio de montañas de fuerte pendiente y está flanqueado por el profundo cañón que forma el río Urubamba a su paso por esta parte de la cuenca del Vilcanota. El Urubamba es el mismo río que da origen al Valle Sagrado de los Incas, transformado hábilmente con sistemas de riego, la canalización de su cauce y la habilitación de terrazas para fines agrícolas y habitacionales. En esta parte, sin embargo, se forma un cañón de tal profundidad y de laderas tan abruptas que sólo permitió la construcción de terrazas agrícolas. En medio de este paisaje se construyó la ciudadela de Machu Picchu.
Así se inició la formación del imperio de los incas y pronto sus gobernantes Yupanqui dejaron el ámbito local de sus dominios para ocuparse del manejo político y económico de un territorio que agrandaron en base a conquistas y alianzas. Sus vecinos tampus y los habitantes de Vilcabamba fueron algunos de los inicialmente conquistados. Es en esas circunstancias que se construyó Machu Piqchu.
La leyenda cuenta que ese reino había sido fundado, en tiempos inmemoriales, por un héroe llamado Manco Khapaq y por su esposa Mama Oqllu, cuyos orígenes se confunden con los de los apus y los dioses tutelares de su mitología, y están llenos de eventos mágicos y sagrados que hablan de la instauración de las faenas agrícolas, las artesanías, la fundación de ciudades y el establecimiento del orden. A Manco Khapaq le sucedieron varios gobernantes sinchis ("señores") ligados a guerras tradicionales con sus vecinos y a un progresivo crecimiento de sus poderes y de su capacidad de conquista. Finalmente, cuando gobernaba el inca Wiraqocha, sus vecinos occidentales, los chancas, intensificaron sus actos guerreros y sitiaron el Cusco, hasta que fueron liberados por un nuevo héroe llamado desde entonces Pachakutec Inca Yupanki ("el inca que domina todo").